На жизнь президента США совершена попытка покушения.
По всем признакам это был не обычный человек, а мутант, передвигающийся с невероятной скоростью. Профессор Чарльз Завьер обеспокоенный тем, что это преступление может усилить и без того негативное отношение общества к мутантам, решает найти террориста. Пока Шторм и Джин Грэй разыскивают загадочного мутанта, Россомаха возвращается с Севера, где находятся развалины завода, возможно имеющие отношение к его потерянному прошлому.
Тем временем ненавидящий мутантов полковник Уильям Страйкер решает начать "охоту на ведьм 21 века" и первым делом захватить тренировочный лагерь мутантов - школу для одаренных детей профессора Завьера.
Зловещая Мистик организует побег Магнито из пластиковой тюрьмы, куда он был заключен в финале первой части. Но обстоятельства складываются таким образом, что бывшим врагам приходится сотрудничать, чтобы противостоять новой угрозе в лице полковника Страйкера.